主要为害鳞茎，也侵染叶和花。鳞茎染病后，初期产生不规则形、浅褐色斑，后呈浅黑褐色，稍凹陷，最后病斑近乎黑色，组织收缩干腐。以外层鳞茎受害最重，逐渐向内层扩展。叶片受害，产生椭圆形、淡黄色病斑，边缘黑褐色，稍凹陷。
百合炭疽病菌以菌丝在受害部位越冬，翌年产生分生孢子，借风雨传播。土质粘重，含水量大的地块；百合螨多的地块；连年种植，病残体多的地块均发病较重。
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