西瓜的病害主要有猝倒病、立枯病、枯萎病、白粉病及炭疽病等。如果患猝倒病和立枯病，可用多菌灵和绿亨一号进行苗床消毒；如果患枯萎病，可用15%的西瓜重茬剂一号300~350倍液灌根。每次0.5公斤，在定植后3~4片真叶时用药，防治效果较好；如果是白粉病和炭疽病，可用百菌清、托布津、粉锈灵等药防治效果较好，交替使用。
西瓜的虫害主要有蝽象、蚜虫、瓢虫、根蛆及红蜘蛛等。防治药剂可选用阿维菌素、敌敌畏、敌杀死等交替防治，根蛆可用敌百虫灌根。提倡安装杀虫灯和黄板诱杀，进行物理防治。
值得一提的是，现在根结线虫非常严重。根结线虫主要在苗期对植株进行感染，造成较大危害。所以苗床地一定要选择无根结线虫的地块。在幼苗定植以后若发现线虫，可用阿维菌素类药剂如1%螨虫清2000倍液、1.8%阿巴丁3000倍液灌根。大田可以在整地的时候选用辛硫磷、二嗪磷、毒死蜱等药剂撒施。
