西瓜种子易受“蔓枯病”、“炭疽病”、“枯萎病”、“病毒病”的侵染，成为病害的传染源。因此，在播种前进行种子灭菌消毒处理，可减少发病率。具体办法如下：
晒种法 可杀灭附着在种子上的病菌，促进种子后熟，增强种子活力，提高发芽率。选择晴天，将种子摊放在纸上或席上，厚度不超过1厘米，使其在阳光下曝晒，每两小时翻动1次。
浸种法 把西瓜种子放入55℃的温水中，不断搅拌15分钟，自然冷却后浸种5小时。55℃为病菌致死温度，可有效地预防西瓜花叶、病毒病。
药剂消毒法。一是磷酸三钠消毒法，用10%的磷酸三钠溶液浸种半小时，捞出后用清水洗净即可；二是多菌灵浸种消毒法，用50%可湿性多菌灵粉剂配制成500倍药液，浸种1小时后洗净，可防治炭疽病；三是漂白粉消毒法，将种子放入配好的2%～4%的漂白粉溶液中，浸泡30分钟后用清水洗净，可杀死种子表面的细菌；四是代森铵消毒法，将50%代森铵水剂配成500倍液，将西瓜种放入浸泡1小时，用清水冲洗干净即可；五是抗菌剂“401”浸种消毒法，将种子放入10%抗菌剂“401”配制的500倍药液中浸半小时，即可杀死枯萎病、炭疽病菌。
