棉种质量最敏感的问题，一是发芽率，二是纯度。从市场反映的动态来看，近两年棉子发芽率呈下降的趋势，由发芽率引发的矛盾越来越多。由于发芽率低，棉子播种之后烂种死苗、缺苗断垄的情况比较普遍。
据种子管理部门资料显示，近年的确有些棉种的发芽率只有60％左右，与国家制定发芽率80％的标准还有很大距离。从大量调查情况来看，棉籽发芽率不高的原因，一是采收尚未成熟的剥桃花；二是收购了含水量较大的“人情花”；三是混收了棉花烂桃的带病种子；四是棉籽未充分晒干就入了仓库；五是含有部分加工时破碎的棉籽；六是包衣棉籽中残酸含量较高；七是未严格分级收花；八是秋桃花的比例高。其中，剥桃 花已上升为主要的原因。
农民采收剥桃花的理由，一是怕别人在田间偷花；二是白天摘桃，晚上全家老少可帮忙剥花；三是剥桃花的水分含量高一些，可以多卖湿花，以少卖多，违心创收。
剥桃花比重的增加，已形成对棉种质量和纤维品质的一大公害。据科研部门测试，完熟的棉种发芽率为95.5％，成熟的棉种发芽率为92％，办成熟的棉种发芽率为63％，未成熟的棉种发芽率只有14％。同时，剥桃花的纤维品级、长度、强度等质量指标比成熟的棉花下降。因此，一定要将剥桃花拒之于种花收购之外。
棉种质量事关棉花生产全局，选准用好优质棉种，可为棉花高产打下良好基础。为了提高收花质量，根据各地多年的经验，应采取以下措施：
制定优种优花优价政策，提高优种优花的含金量，用优价来调动农民交售优质花的积极性。
拒收“人情花”、剥桃花做种花。种花应是吐絮5天以上的成熟花。籽花含水量不超过12％，棉籽含水量控制在11％左右。
提倡帘架晒花，不宜在地上晒花，更不能在水泥地面直接晒花，以防出现哑籽。
严格分级收花，并要做到干花干种入库。10月20日以前的等外花和秋后花只能做商品花收购，绝不能作种花。
精选棉籽，加工包衣，淘汰劣质棉籽。
