在自然界中，能使昆虫感病的病原微生物很多，它们包括细菌、真菌、病毒、立克次氏体及原生动物等。利用昆虫的病原微生物或其代谢产物来防治害虫，称为微生物防治，也叫做以菌治虫。以菌治虫对人、畜比较安全，以菌治虫有它的选择性，有利于保护昆虫的天敌，所以对环境兼容性好；以菌治虫经济有效，可以工业化生产，便于在农村推广。近十多年来微生物杀虫剂已引起了世界各国的重视，发展非常迅速。目前成为全球农药产业发展的新趋势。
目前，在龙眼害虫防治上主要是以细菌治虫。细菌药剂大多是随着昆虫取食，经过口腔，进入虫体，在虫体中产生芽孢和一种蛋白质毒素，叫做伴孢晶体。这种毒素能破坏昆虫肠道，引起昆虫瘫痪，很快停止取食。经过细菌在体腔内进一步大量繁殖，引起败血症，昆虫很快死亡。昆虫死亡后，开始腹部发黑，以后全体发黑，软化腐烂。微生物农药在我国以苏芸金芽孢轩菌（Bt）为主。它是一种寄生于昆虫体内引进昆虫发病死亡的细菌。我国近年来分离出不少苏芸金杆菌菌种，并发现了一些新变种。目前，国内各地生产和使用的松毛虫杆菌、杀螟杆菌、青虫菌、Bt8010等都属于苏芸杆菌类，已用它防治20余种农、林害虫，如柑橘凤蝶、苹果巢蛾、柑橘红蜘蛛、卷叶蛾等取得了良好的效果。由于苏芸杆菌制剂必须被害虫食入，才起毒杀作用，所以适时施药非常重要。
目前，我国生产和使用的苏芸杆菌的菌剂如Bt8010生物农药等都存在杀虫谱窄，仅对鳞翅目害虫有效，杀虫速率慢，长期使用易使害虫产生抗药性等问题。最近，福建省农业科学院生物技术中心研制的生物农药天霸是利用多位点杀虫毒素（multipletoxin）理论，将生物杀虫剂Bt的伴孢晶体与放线菌Abamecctin毒素进行耦合生产出的双毒素生物杀虫剂，克服了以往研制的苏芸金杆菌类药剂杀虫谱窄，杀虫速率慢等不足，表现为杀虫谱广，可用于防治鳞翅目、同翅目、双翅目、鞘翅目和螨类等主要害虫。据在防治龙眼亥麦蛾、蒂蛀虫、尖细蛾、龙眼木虱和拟木蠹蛾等应用推广取得良好的防治效果。杀虫速率快，对以上害虫的杀虫经达24小时大于85%。降低害虫抗药性，双毒素生物杀虫剂的抗性周期是单毒素的乘数倍，假设单毒素生物杀虫剂的抗性周期为5年，双毒素的则为25年，且使用成本低。从而，说明微生物杀虫剂在龙眼无公害栽培中有着广泛的发展前途，是今后病虫防治的发展方向。
