早稻生长后期多处于梅雨季节，田间湿度大，通透性差，以纹枯病为主的各种病害发生较重。在此提醒广大农户要重视适时用药防治。
早稻纹枯病如果防治一次的话，宜迟不宜早，一般在早稻齐穗后用药最合适，主要目的是控制病害的垂直上升，保证早稻后三片功能叶不受害。药剂选择上有两种方案，一种是每亩用30%爱苗（苯醚甲丙）15克对水25~30公斤均匀喷雾，不仅可以防治纹枯病，而且能兼治早稻后期多种真菌病害。另一种是常规药剂，可每亩用3%%素清（嘧啶核甘类、井冈霉素）120~200克或20%稻乐（多井唑）100克对水25~30公斤均匀喷雾。
近年来，水稻细菌性病害有所抬头，部分地区水稻白叶枯病在早稻后期有所发生，防治白叶枯病要早抓，在田间出现发病时应及时用药，可每亩用2%加收米液剂100毫升或20%叶枯唑250克对水25~30公斤均匀喷雾。
早稻虫害主要是稻蓟马、部分地区的灰飞虱和稻象甲，防治稻蓟马、灰飞虱可选用金好年、阿克泰等药剂，防治稻象甲可选用神农宝、盖伦本等药剂；重要的是一些病害的预防，在白叶枯病、细菌性条斑病流行区要抓住一季稻秧苗3叶期和移栽前5~7天喷施2%加收米液剂100毫升，可有效推迟和减轻大田发病；条纹叶枯病流行区则一定要防治好秧田的灰飞虱，防止秧苗带病。
