水稻良种在种植一段时间后会出现退化的现象，表现在抗性减弱，穗型变小，结实率降低，籽粒不饱满，茎秆细软、高低不一，成熟不一致，产量降低，品质变差等。良种退化的原因有很多，主要有以下几个原因：
（1）机械混杂。主要是在水稻生产过程中发生，如种子处理、播种育秧、移栽、补苗、收割、脱粒、翻晒、贮藏和运输过程中，由于人为因素发生品种间混杂，降低了良种纯度，影响生长整齐和丰产性。
（2）生物学混杂。指品种间或亚种间天然杂交，使后代逐渐发生变异，造成良种混杂。而生产上使用的由杂交育成的新品种，如遗传性不稳定，其后代也有可能分离。
（3）不良环境、栽培条件的影响。品种的优良特性发挥都要求一定的环境条件，在这些条件不能满足时，就会发生变异，促使品种退化。
（4）选留种的选择标准不明确。在水稻选留种时片面注意穗大粒多的特性，而对其他性状如分蘖、高矮、抗性等考虑不够，也会引起退化。
