种子带有的病虫是水稻病虫感染的最初来源之一。选择健康的种子或针对种子带有的主要病虫种类采取相适应的消毒杀虫方法，配合土壤处理是减少病虫来源、推广无公害栽培的重要途径。因此对于水稻无公害栽培，在播种前有必要对种子进行“健康检查”。
用高锰酸钾染色法检查谷象和米象取种子试样15克，除去杂质，倒入铜丝网中，在30℃水中浸泡1分钟，再移入1%高锰酸钾溶液中染色1分钟。然后用清水洗涤，倒在白色吸水纸上用放大镜检查，挑出粒面上带有直径0.5毫米的斑点，即可计算害虫含量。
用比重法检查其它隐蔽害虫取种子试样100克，除去杂质，倒入食盐饱和溶液中（含盐35.9克溶于1000毫升水中），搅拌10~15分钟，静止1~2分钟，将悬浮在上层的种子取出，进行解剖检查：取试样5克左右，用解剖刀剖开或切开种子的被害部分或可疑部分，检查害虫。计算含虫量。
用吸水纸法检查稻瘟病取种子试样400粒，将培养皿内的吸水纸用水湿润，每个培养皿播25粒种子。在22℃条件下用12小时放黑暗处和12小时近紫外光照的交替周期培养7天。在12~50倍放大镜下检查每粒种子上的稻瘟病分生孢子。一般这种真菌会在颖片上产生小而不明显、灰色至绿色的分生孢子。这种分生孢子成束地着生在短而纤细的分生孢子梗的顶端。菌丝很少覆盖整粒种子。如有怀疑，可在200倍显微镜下检查分生孢子来核实。
用吸水纸法检查胡麻斑病取试样400粒种子，将培养皿里的吸水纸用水湿润，每个培养皿播25粒种子。在22℃温度条件下用12小时放黑暗处和12小时近紫外光照交替周期培养7天。在12~50倍的放大镜下检查每粒种子的胡麻斑病的分生孢子。在种皮上形成分生孢子梗和淡色气生菌丝，有时病菌会漫延到吸水纸上。
用种植法检查细菌性病害即用生长植株进行检查，在给幼苗或植株一部分进行感染试验时。应注意植株从其它途径传播感染，并控制各种条件。
健康检查报告用供检查的样品重量中感染病虫的百分率或病原体数目来表明种子健康程度。如感染的百分率高或病原体数目多则表明种子欠健康，反之则种子健康或比较健康。
