一、堆存：
贮藏时要根据贮藏加工的要求和油菜子的具体情况合理堆存，若含水在10%以下符合榨油要求的，可矮堆2.5米存放到夏季高温前，不会发热霉变。若需较长期保藏，水分应降至8%以下矮堆或包装堆存，供陆续进厂加工榨油。若水分达10%～13%超过加工要求的，一般只能保存1～3周。若水分达13%以上，随时都有发热、霉变的危险，应立即采取措施抢救。
二、密封缺氧药剂保藏：
油菜子刚收获时含水量高，阴雨天抢收时，水分可达20%～50%。它的贮藏方法如下：用塑料薄膜严密封闭，2～3周内可自然降氧，积累二氧化碳抑制菜子本身和微生物的呼吸以保持品质，若结合用药可按每立方米投入磷化铝片剂9～12克，可以杀灭和抑制霉菌繁殖，阻止真发热和出芽，若已开始发芽，能迅速萎缩并迅速降低贮温，也能达到良好效果。
