芝麻生长发育过程中需要的主要微量元素有硼、锌、锰、铁等元素，但在不同的生育时期吸收量不同，苗期吸收速度缓慢，积累数量少；花期至封顶期吸收速度快，积累数量多；封顶到成熟期间，吸收速度又缓慢下来，积累减少。但不同元素亦有自己的特点，锌肥在封顶期吸收为最多，锰肥在开花后吸收最快。芝麻在整个生长发育过程中，需铁最多，硼次之，锌第三，锰最少。
硼肥通常用的是硼砂，基施、追施、种施均可。作基肥一般每亩施0.5～0.7公斤，拌种一般用量为种子量的0.4%～0.6%，浸种液肥浓度为5%，浸种时间为20～24小时，根外追肥宜在初花期到盛花前喷2～3次，浓度为0.1%～0.2%。
锌肥常用硫酸锌，每亩底施1～2公斤，拌种每公斤种子用量4～6克。如果叶面喷施，浓度为0.1%～0.5%，在蕾期喷施效果较好，即出苗后25～30天喷施。
锰肥常用硫酸锰，锰肥要早施，如果中后期施锰肥，很难纠正缺锰状况，一般每亩底施0.5～0.75公斤，拌种每公斤种子用硫酸锰6～7克。叶面喷施液肥在现蕾前7～10天效果较好。
铁肥主要是硫酸亚铁，施用铁肥以叶面喷施为宜，常用浓度为0.1%～0.5%。
为了提高叶面施肥效果，首先确定适宜的喷肥次数，一般微量元素喷2～3次，间隔时间7～8天。其次，选择适宜喷肥时间，最好选择阴天喷施，如果晴天喷施应在无风的上午9时前喷施，或者是下午4时后喷施。第三，增添必要的粘着剂，在配制好的肥液中加入少量的洗衣粉作为粘着剂。但是，要注意不能加入碱性洗衣粉。加入丙酮、乙醇等有机物质，也可降低肥液的表面张力，增加叶面接触面积，提高肥效。另外，几种微量元素最好不要混合喷施，以免降低肥效。
