甘薯对贮藏的环境要求有较高的湿度、严格的温度。整个贮藏期间窖温应控制在10～15℃，最适合的温度在12～13℃；高于 15℃易生芽，低于10℃易受冷害而引起腐烂。湿度过低，薯块易干缩糠心；湿度过高则易导致病菌的繁殖蔓延而引起病变腐烂。甘薯贮藏的最适宜湿度为90%～95%。当窖内相对湿度低于80%时，甘薯因失水而萎蔫，食用品质下降；相对湿度大于95%时，甘薯呼吸虽然降低，但微生物活动旺盛而易发生病害。具体管理工作一般分3个时期：
1.前期管理。入窖初期以降温散热为主。刚收获的鲜薯入窖20天内呼吸旺盛，外界气温又较高，放出大量的水分和热量，窖内温度高，湿度大。如果通风条件差，薯皮表层凝结一层水，俗称“出汗”，故一般称发汗期。如果温度超过20℃，薯块容易发芽，消耗养分，且能导致腐烂，发生软腐病。因此，这一时期的管理应以通风、散湿、降温为主，必要时利用排风扇进行排风降温。应使窖温不超过15℃，相对湿度不超过90%。具体做法是：打开门窗及通风孔降温降湿，外界气温高时夜开昼闭，或用通风扇强制通风。随着气温降低，门窗可以日开夜闭，使温度保持在14～15℃。但是，如果白天气温高于18℃或晚间低于10℃，应注意盖窖门。
2.中期管理。甘薯入窖后20天到翌年2月初为贮藏中期。此期处于严冬季节，窖外温度降低，同时甘薯的呼吸强度减弱，产生的热量少，易受冷害，要注意保温，使窖内保持合适的温度，管理要点是保温防寒防湿。保持窖温12～14℃为宜，不低于10℃。具体做法是：窖温稳定在14℃时封闭门窗、气孔。随着气温下降到13℃时，薯堆加盖2～3cm厚的草帘保温、保湿。另外管理措施要主动，在当地气温显著下降之前完成。若窖内湿度较小，可在通道上喷水、设置水盆，井窖中塑料薄膜设置水坑。
3.后期管理。立春以后，窖外气温逐渐回升并经常有寒流发生，气候多变，而薯块经长时间贮藏，呼吸强度更加微弱，对外界条件的抵抗力下降，极易发生腐烂病。此期的管理应以稳定窖温、通风换气为主。根据天气变化，既要通风散热，又要保持窖温在11～13℃。如果窖内温度偏高湿度过大，应撤去草帘，晴天中午打开门窗、气眼通风散湿，傍晚要及时关闭，并根据天气逐步加大通风量。
