猪舍发酵床系统包括猪舍建筑物、发酵床、动物养殖及管理方法，是一个完整的饲养体系。发酵床系统的运行状况是各子系统状态及耦合度的综合反映。一个好的猪舍发酵床系统不仅能够节能减排，而且可以通过节水省工和促进生猪生长等方式提高养殖整体经济效益。
一、猪舍选址与圈舍结构
1、猪舍的选址。猪舍应选在地势较高、排水良好、交通便利的地方，四周无屏障，可保证通风良好。
2、猪舍朝向。猪舍朝向和间距必须满足日照、通风、防火和防疫等要求，猪舍长轴朝向以南向或南偏15度以内为宜。
3、建筑物的结构。猪舍建筑结构与传统猪舍无太大差异，要求舍顶用石棉瓦或聚乙烯材料等覆盖，能够防风、防雨雪和阻挡紫外线、隔热保温。舍顶最好能伸出1-1.2米宽的屋檐，边墙安装百叶窗、风机或排气扇。猪舍垫料层以上净高度不低于2.5米，跨度以9-15米为宜。
4、猪舍间距。为保持良好的光照和通风，每相邻两猪舍纵墙间距不低于7米，每相邻两猪舍端墙间距不少于10米，猪舍距围墙不低于10米。
5、圈舍基本结构和组成。猪栏舍内基本配置与传统猪舍相同，即每个栏舍配置常规的围栏、食槽、饮水装置和加湿装置，但圈舍地面需设置两个功能区，一个是发酵床，另一个是硬化区（主要用于夏季休息）。发酵床由发酵槽和垫料组成，靠发酵床的外墙设置垫料进出口、通气与渗滤液排放口，在室外设置渗滤液收集器。
6、发酵床。设置在靠外墙一侧，面积占圈舍面积的55-65%，其发酵槽的深度依据垫料性质和饲养管理条件而定，一般低于休息区（硬化区）40-100cm。发酵槽底部地面可以为土质地面，但需夯（压）实，以免动物粪尿形成的污染物下渗污染地下水。若养殖场地下水位较高，发酵槽应建在地上且地面应做防水处理。如养殖场地下水位较深，发酵槽可以建在地下或半地下。垫料是铺设在发酵槽中的有机材料，一般为木屑、秸秆段（粉）、稻壳、花生壳、砻糠等，这些材料需要经过高温堆积发酵处理，达到无害化后才能填入发酵槽。
7、垫料进出口。主要是方便垫料进出和发酵床的清理。
8、通气与渗滤液排放口。位于发酵槽外侧底部，排放口尺寸为20厘米×30厘米，数量依据圈舍大小设置，一般10米宽的圈舍设置5-6个即可。平时作为通气孔，当垫料水分过高时作为渗水孔。
9、渗滤液收集器。为保护养殖舍外环境，在养殖舍外紧邻外墙挖1.5米深的集水坑做渗滤液收集器，渗滤液通过明沟与集水坑相连通。集水坑上要加盖防护。明沟及集水坑均要高出地面15厘米，以免雨水倒灌。要勤于检查，若集水坑水位较高，要及时抽出并加以处理。
10、硬化区。设置在饲养通道一侧，面积占圈舍的35-45%，混凝土硬化地面，为猪采食、活动与休息的场所。硬化区的设置在高温夏季尤为重要，高温季节发酵床温度相对较高，而硬化区地面相对凉爽，可供动物休息。在硬化区，可以根据不同养殖对象进行不同的设施设置。如进行群体养殖的待产母猪和产后母猪，可以成排设置仅供一头猪采食或饮水的隔离栏，避免母猪在采食时发生踩踏事故。对于断奶仔猪和育肥猪，则无需设置隔离栏。成年公猪则需要单舍（栏）喂养，不宜群养。
