鸡舍清理和消毒的一个主要目的是切断疾病的传播途径，以免病原从上批鸡传播到下批鸡。为此要按如下步骤进行操作： 肉仔鸡出栏后，立即清理所有设备，把料盘的剩料倒出并处理，严禁喂下批鸡。把料盘、饮水器浸泡清洗，如果是网架平养的把鸡架拆掉，放在水池中浸泡、冲刷洗。把架下的鸡粪彻底清出运走，对鸡舍地面墙壁进行清洗。若是垫料平养，则把垫料连同鸡粪一起清出运走，然后对鸡舍地面、墙壁彻底浸泡、冲洗。直到整个鸡舍地面、墙壁、鸡架、料水盘等无灰尘、无鸡粪、无饲料，才可消毒。消毒可用季铵盐类消毒药喷雾两次。然后打开鸡舍窗户空闲1周。再准备下批进鸡。切不可不清洗消毒而先空闲鸡舍。否则不会达到切断病源的目的。因为细菌病毒可以在鸡粪、饲料等有机物中存在很长时间，另外鸡粪、饲料等有机物可以使消毒药药效降低，并阻碍消毒药杀死其内部隐藏的病原（细菌或病毒等）。所以要求一定要冲洗干净才能消毒。
