生产中鸡舍常用的消毒方法有：
一、物理消毒
1．高压水枪喷洒消毒。适用于空棚后彻底的棚舍消毒，使所有的灰尘随消毒水落于地面而不致随风飞扬。因为有些病毒性的病原体(如新城疫病毒，传染性喉气管炎病毒和马立克氏病毒)及一些细菌性病原体(如沙门氏菌和霍乱菌等)易吸附于灰尘上，当用扫帚清扫时，灰尘可随风飘扬相当长的一段距离，使环境发生污染。
2．清洗擦拭消毒。鸡舍内可移动的设备移至舍外用水冲洗，如有结痂块的地方，可经浸泡后用刀刮下，然后再用消毒水作擦拭消毒。
3．火焰喷射消毒。用火焰喷射对准鸡舍的墙壁、地面和笼具等进行火焰消毒，利用高温将病原体杀死。阳光也是天然的消毒剂，一般病毒在直射的阳光下由几分钟到几小时可以杀死，所以棚舍空置一定时间非常重要。
二、化学消毒
1．一般喷雾消毒。将配制好的消毒药水对准鸡舍墙壁、器具及其他设备进行喷雾，路面的消毒也可采用此法。另外，鸡群也可定期喷雾消毒。
2．熏蒸消毒。将消毒药经过处理后，使其产生杀菌性气体，用它来消灭一些死角的病原体。为了增加消毒的效果，可以密闭鸡舍的门、窗和风口。24h后再开始通风换气。(常用的消毒药为福尔马林和高锰酸钾)
3．浸泡消毒。鸡舍内的一些小用具，如蛋盘等物品可放在消毒水槽内浸泡2h，然后用水冲洗干净。
三、生物消毒
利用生物学方法来消灭病原体。如将鸡粪堆集发酵产生高温而杀灭病原体。
