我国养鸡主要存在以下问题：
缺乏必要的宏观调控，养鸡业大起大落 由于养鸡业的重点已经转到广大农村的千家万户，多数养鸡户缺乏市场知识，在养鸡和养鸡的数量上带有较大的盲目性，往往受当前利益的左右。从90年代初开始随着我国养鸡数量的基本饱和，养鸡业大起大落，使不少养鸡场尤其是国营大中型鸡场蒙受惨重损失。1997年我国人均占用禽蛋达到17.5公斤，处于世界前列，而我国人均消费水平原远远达不到这个水平，生产相对过量，造成鸡蛋价格大幅度下滑。我国养鸡业要走上规范化程度还需要较长的时间，除了政府和行业协会的宏观调控外，需要养鸡者自己能够准确对市场进行预测，减少生产的盲目性。
总体生产水平低，综合养鸡技术不配套 虽然我国蛋鸡存栏数量和鸡蛋产量世界第一，但是和发达国家相比，我国养鸡在单产方面存在较大的差距。主要是因为农村规模化养鸡场的规划不合理，场挨场，无必要的隔离措施，建筑和设备简陋，环境控制不得力，造成疾病的常年反复流行。其次是缺乏必要的防病治病知识，防疫、用药是新养鸡户跟老养鸡户学，对疫苗的类型和使用方法不清楚，经常造成免疫失败，死淘率较高。另外综合养鸡技术不能很好的掌握，配套工程不尽完善，也是造成鸡的遗传潜力不能充分发挥的因素。综合养鸡技术包括良种、营养与饲料、环境与设备、卫生与防疫和管理五个方面，其中最后一项是软件。只有这五个方面有机地结合在一起，才能使鸡充分发挥遗传潜力，获得最大的经济效益。
国有鸡场效益普遍下滑，体现不出技术和规模优势 国有鸡场虽然在资金、设备和技术力量等方面占有优势，但是旧的管理体制束佛了其竞争力，生产成本明显高于个体养鸡。另外机构臃肿、投资结构不合理也是造成国有鸡场效益下滑的原因之一。
疾病流行严重，对养鸡造成的损失巨大 据统计，我国蛋鸡的死淘率在25%左右，按20亿只蛋鸡计算，每年的死淘数量约为5亿只，远远超过发达国家死淘率8%的水平。死淘率如此高居不下的原因主要是对疾病的流行不能很好的控制，每隔几年就会有一种病流行，如90年流行法式囊病，后来又流行减蛋综合征，最近禽流感在又一些地方流行。新病不断出现，而象新城疫、传支等一些老病又不断出现非典型症状，再加上一些细菌病的推波助澜，造成养鸡场对病的控制很困难。
养鸡的环境设施有待改善 我国养鸡死淘率高、总体生产水平低的原因之一就是环境设施差，尤其是农村规模化养鸡更差。在养鸡比较集中的地区，鸡场挨鸡场，粪便到处堆放，鸡舍低矮简陋，冬季不能防寒，夏季不能通风降温，不但疾病容易流行，而且鸡的生产水平也降低。
饲料、疫苗兽药市场混乱 北京市大大小小的饲料企业就有500多家，中国农业大学周围有十几家。这些饲料企业在资金、技术力量、设备、管理等方面差异很大，饲料的质量差别也很大，有些小饲料企业在饲料中使用违禁药物或添加剂，对养鸡业的危害巨大。另外，兽药疫苗市场管理混乱，一些兽药批发市场专门卖假药，一些养鸡户在用药方面也存在很大的盲目性，偏信卖药的，乱治病、乱投药。
