临诊症状很难区分猪水疱病、口蹄疫、猪水疱性疹和猪水疱性口炎，因此必须依靠实验室诊断加以区别。本病与口蹄疫区别更为重要，常用的实验室诊断方法有下列几种。
1.动物试验：将病料分别接种1～2日龄和7～9日龄乳小鼠，如2组乳小鼠均死亡者为口蹄疫；1～2日龄乳小鼠死亡，而7～9日龄乳小鼠不死者，为猪水疱病。病料经在pH3～5缓冲液中处理后，接种1～2日龄乳小鼠死亡者为猪水疱病，反之则为口蹄疫。或者以可靠的猪水疱病免疫猪或病愈猪与商品猪，混群饲养，如两种猪都发病者为口蹄疫。
2.荧光抗体试验：用直接和间接免疫荧光抗体试验，可检出病猪淋巴结冰冻切片和涂片中感染细胞，也可检出水疱皮和肌肉中病毒。
3.补体结合试验：以豚鼠制备的诊断血清与待检病料进行补体结合试验，可用于猪水疱病和口蹄疫鉴别诊断。
4.反向间接血凝试验：用口蹄疫A，O，C型的豚鼠高免血清与猪水疱病高免血清抗体球蛋白致敏，用l％戊二醛，甲醛固定的绵羊红细胞。制备抗体红细胞与不同稀释的待检抗原；进行反向间接血凝试验，可在2～7小时内快速诊断猪水疱病和口蹄疫。
此外，中和试验、对流免疫电泳、放射免疫等都可以作为猪水疱病的诊断方法。
