消毒是消灭外界环境中的病原菌、切断和预防疫病发生和流行的主要措施。根据当地的疫情和具体条件，养猪场必须有一套科学、合理的消毒制度，以确保猪群健康、猪场安全生产。
1.进场前消毒：门卫室设紫外线消毒灯和洗手消毒盆，所有进场人员必须用紫外灯照射5～10分钟，并经消毒液洗手消毒方可进入。所有进场车辆必须由高压消毒机喷雾消毒、经消毒池进入猪场。
2.非生产场区的消毒：非生产区包括生活区、办公区、饲料加工区等生产辅助区，要求经常清扫，保持清洁，每周消毒一次。
3.进入生产区的消毒：进场人员在外更衣室脱去所有衣物后，经消毒液洗手、洗头，全身淋浴后，在内更衣室换上全部场内专用工作服、工作鞋后，方可进入生产区。淋浴消毒过程由门卫监督，其过程为单一流向，严禁出现净区、脏区的双向互串。工作服与工作鞋保持清洁，并定期用消毒液浸泡。
4.工作人员消毒：进入猪舍前要脚踩入消毒池内浸泡2～3分钟，经消毒盆洗手后才能进入猪舍。
5.全进全出单元式猪舍消毒：彻底清扫、冲洗下水道或排污沟；用2～3%氢氧化钠消毒液浸泡消毒1～2小时；高压清洗机清洗；干燥；消毒液喷雾消毒；干燥备用；进猪前用消毒液消毒一次，或在干燥后密闭猪舍，将福尔马林（按每立方米空间30毫升）倒入适当容器内，再加入高锰酸钾15克，熏蒸24～48小时消毒。
空栏猪舍的消毒：将猪群转出空栏，清扫、清干下水道或排污沟；用2～3%的火碱液浸泡1～2小时；高压清洗机清洗；干燥；消毒液消毒；干燥备用；进猪前再用消毒液消毒一次。
6.带猪消毒：带猪喷雾消毒能够杀死和减少猪舍内空气中漂浮的病毒和细菌，沉降猪舍内漂浮的尘埃，抑制氨气的发生和吸附氨气。但要注意以下问题：带猪消毒应选用毒性、刺激性和腐蚀性较小的消毒剂，用高压消毒机进行喷雾消毒雾滴要调到气雾剂的状态，雾滴悬浮时间长，既节省药水，而且也能增强灭菌效果。产仔舍、保育舍每周带猪消毒两次，但仔猪断奶后第一周不要带猪消毒。产床和保育床要经常用蘸有消毒液的拖把进行擦洗消毒。
7.生产用具消毒：清扫和饲喂用具：清扫和饲喂用具要分开使用、存放，每次用完后，要清洗消毒。治疗工具：注射器、针头等常用治疗工具每天要煮沸消毒30分钟，治疗时做到每头猪一个针头。体温表在每次使用后用酒精棉擦拭干净。手术工具：剪刀、耳号钳、牙钳、止血钳等工具，每天用完后要用消毒液浸泡消毒。场内饲料包装袋：必须用场内专用饲料袋，饲料运输必须用场内专用运输工具，各栋饲料袋回收后，要用消毒液浸泡，或熏蒸消毒后才可连续使用。
8.尸体剖检室或剖检场所、运送尸体车辆及所经道路，使用后立即用2～3%氢氧化钠消毒。
