病原日本乙型脑炎病毒为RNA病毒，属于黄病毒科。病毒粒子呈球形，直径40nm。有囊膜，对脂溶剂敏感，能凝集鸡、鸽、鹅和绵羊的红细胞。可用多种细胞单层进行培养增殖。也可用鸡胚培养。
该病毒对外界环境因素的抵抗力差。常用消毒药即可杀灭。56℃30min可灭活。
流行特点多种家畜和禽类均可感染本病，包括人。其中，猪感染该病毒后，病毒在其体内大量增殖成为其他动物和人的传染源。本病主要通过蚊子、蜱叮咬传播。野禽和其他哺乳类动物以及冷血动物也可散播该病。
本病有明显的季节性，尤其是蚊子活动猖獗的季节，如7-10月份。
临床症状猪常突然发病，体温高达40-41℃，呈稽留热，持续几天至十几天。病猪精神萎顿，嗜眠，喜卧。食欲减少或不食。粪便干燥呈球形，表现常附有灰白色黏液，尿呈深黄色，后肢关节肿胀。
怀孕母猪感染后，流产或早产、死胎、胎儿大小不等，有木乃伊。流产后，母猪症状减轻。体温和食欲逐渐恢复正常，有的怀孕母猪在预产期不见腹部和乳房膨大，不泌乳。
公猪感染后，初高烧，后可见睾丸肿胀，多呈一侧性。
剖检病变妊娠母猪感染后，其新生弱仔或死胎的剖检病变为脑水肿，皮下水肿，胸腔积水，腹水，脏器浆膜斑点样出血。淋巴结淤血，肝脾有坏死灶。脑膜和脊髓充血。中枢神经组织多处发育不良。如脑水肿时，大脑组织变薄，小脑和脊髓发育不良。
公猪感染后，可见睾丸实质充血、出血和有坏死灶；睾丸硬化者体积缩小，与阴囊粘连，实质结缔组织化。
诊断要点日本乙型脑炎的诊断要点为该病有明显的季节性，7-10月多发。母猪分娩时可见大小不等的死胎和木乃伊。公猪有睾丸炎。妊娠母猪及仔猪感染后，一般无典型的临床表现。流产胎儿病变为神经组织发育不良。血清学检查为抗体阳性。确诊应分离到病毒。
注意与细小病毒感染、猪伪狂犬病、弓形体感染及猪瘟等进行鉴别诊断。
防治措施目前本病无有效的治疗措施。给母猪群定期免疫接种是预防控制该病的切实可行方案。如能配合杀蚊灭蝇除蜱即可取得较好的防制效果。一般免疫程序为在蚊子活动之前就进行免疫接种。种猪群在每年的3-4月用日本乙型脑炎弱毒疫苗进行免疫接种，免疫两次，间隔2-3周，后备公母猪群配种前再免疫接种一次。
