目前，对鸭瘟尚无有效药物可以治疗，而对鸭霍乱用药物治疗效果却很好。这两种病的症状很相似，极易混淆，所以必须准确鉴别，以减少不应有的损失。
一、鸭霍乱一般是零星发生，突然死亡，尤其是正在产蛋的母鸭颇为多见。鸭霍乱能传染给鸡甚至猪；而鸭瘟流行范围较广，病程也较长，一般多在发病4～6天死亡，但不传染给鸡和猪。
二、翻开鸭肛门，出现充血、水肿或有黄绿色假膜者，则可判断是鸭瘟。
三、患鸭霍乱的病鸭，死亡前常摇头，死亡时，口、鼻流稀血水，嗉囊里充满饲料，手摸感觉硬实；而患鸭瘟的病鸭，流涕流泪，死亡时眼睛充血，嗉囊空虚无食物，手摸时感到松软。
四、鸭霍乱可用磺胺类药物或抗菌素治疗，效果满意，但这些药对鸭瘟则无效。
五、发生鸭霍乱的病鸭或死鸭，肝脏表面有许多针头大小、分布均匀的灰白色坏死点；而鸭瘟则没有这些症状，但全身皮肤表面有许多出血斑点，头颈部出血更为严重。