鸭瘟自然感染的潜伏期一般为2～4天，病初体温急剧升高为43℃～44℃。病鸭表现精神沉郁，头颈缩起，离群独处，食欲减退或废绝，喜饮水，羽毛松乱，两翅下垂，两脚发软，走动困难，若强行驱赶则用两翅拍地而走，走几步就倒地不起，此时病鸭不愿下水，若强迫其下水，则漂浮水面并挣扎回岸。
病鸭眼周围湿润、流泪，眼睑肿胀，有的流出黏性或脓性分泌物使眼睑粘连不能张开，有的眼睑外翻，结膜充血、出血或形成小溃疡。鼻孔流出浆液性或黏液性分泌物，呼吸困难，叫声嘶哑无力。部分病鸭头颈部肿胀，俗称“大头瘟”。病鸭下痢，排出绿色或灰白色稀粪，肛门周围的羽毛被污染并结块。泄殖腔黏膜充血、出血、水肿，严重者黏膜外翻，黏膜面有黄绿色的假膜且不易剥离。
患病后期，病鸭体温下降，体质衰竭，不久即死亡。急性病例病程一般为2～5天，亚急性为6～10天，病死率在90％以上，个别不死的病例转为慢性，呈现出消瘦、生长发育不良的症状。产蛋鸭群的产蛋量减少，一般减产30％左右，随着死亡率的升高，可减产60％以上，甚至停产。