养鸭户在进行活疫苗的接种时，连续应用消毒药物进行带鸡喷雾消毒或饮水消毒。这样使得疫苗中的病毒(细菌)不能在肌体中充分繁殖，从而影响免疫效果。有的养鸭户长期应用腐蚀性消毒药物给鸭饮水消毒，损害了鸭的口腔、食道、鼻腔等消化道和呼吸道黏膜。在这期间使用鸭瘟等疫苗进行免疫预防，肌体便不能很好地建立免疫应答，使免疫失败。
不注意药物之间的配伍
常见到饲养户把磺胺类药同喹诺酮类药物合用，其结果造成喹诺酮类药物疗效降低或失效，不仅起不到治疗作用，而且提高了治疗成本。临床常见的不合理配伍用药很多，如：红霉素类和磺胺类，庆大霉素与青霉素类、卡那霉素类与喹诺酮类等。
用药剂量不当
一旦肉鸭发病，往往对整群肉鸭进行长期超剂量用药，饲养户认为药物剂量越大，效果越好，因此无限制地随意加大用药剂量，结果使肉鸭的内脏器官受损，导致代谢失调，甚至出现药物蓄积、残留甚至中毒。
不对症治疗
肉鸭由于突然转换饲料、矿物质和电解质不平衡等引发腹泻，而饲养户立即长期使用抗生素，其结果是杀死或抑制了肠道正常菌群而使致病菌迅速繁殖，导致腹泻更加严重，久治难愈。还有些养鸭户治疗肉鸭的病毒性疾病，仅仅只用抗菌药物，忽略了对症治疗和调节电解质平衡、补充能量。
给药方法不当，疗程不足
在一般情况下最好对肉鸭拌料给药，也可饮水给药，但剂量应加倍；当病情严重时还可以注射给药。许多饲养户不仅存在着给药方法不当的现象，而且还有用药治疗不彻底的问题。用药治病都有一定的疗程，一般用药时间为5~7天，有的饲养户投药2~3天，刚看到病情好转就停药，或者马上换别的药物。
化学药物长期使用
许多饲养户不管肉鸭有无疾病，总是不断地在肉鸭饲料或饮水中添加大量化学药物。其最终结果是肉鸭产生耐药性甚至中毒。