长期以来低程度的选育和粗放的饲养管理使土鸡形成了疾病少、耐粗饲的一个特点，再加上土鸡大多数采用的是"四园"(果园、茶园、桑园、竹园)散养，环境远离污染，利于防病。但是因为土鸡的饲养周期较长，加上长期放牧于野外，接触病原体的机会增加，有时还会遇上"四园"作物喷施农药引起土鸡农药中毒，所以散养鸡的防疫不容忽视。除加强日常管理，如严格消毒、隔离饲养以消灭部分疾病外，药物预防不失为一条好途径。
禽流感预防
鸡20日龄和120日龄、产蛋半年或快进入流感高发期、上次接种类减蛋油苗半年后每只用类减蛋油苗0．5毫升肌注接种一次。
鸡痘预防
鸡15～35日龄、90～140日龄时各刺种一次禽痘疫苗，4～5天后刺苗处结痂表明有效，保护率一般在100％。对土鸡的寄生虫病，惟有改善饲养环境，加强营养及饲养工具的消毒才是最有效的预防途径。
鸡新城疫接种
(1)鸡7～14日龄、25～28日龄时用克隆30疫苗滴鼻点眼，同时按每500只鸡加青霉素、链霉素各100万单位，也可用海达、海天、普杀平、兰星等混合使用。
(2)鸡55～60日龄时用鸡新城疫Ｉ系与克隆Ｉ系疫苗按1∶1．5混合肌注。
(3)鸡125日龄时用新支减三联苗、流感二联油苗肌注，每只0．5毫升。
(4)鸡306日龄时重复用克隆Ｉ系肌肉注射。
(5)在土鸡440日龄(出栏前)用弱毒苗(II系或IV系疫苗)饮水。
传染性氏囊炎防疫
(1)种鸡产蛋前没有接种过法氏囊疫苗或接种油苗半年后没有再次接种的，其后代在5日龄时应用弱毒苗滴口；如果种鸡在接种弱毒苗的同时皮下注射油苗0．2毫升／只，那么在土鸡15日龄、32日龄时就不用再防疫。
(2)如果种鸡接种后半年又进行了接种，其后代在14日龄时可用弱毒苗滴口。如果种鸡在接种弱毒苗的同时每只用油苗0．2毫升皮下注射，土鸡在24日龄时就不用再防疫。
(3)在法氏囊炎暴发区，鸡1日龄时用高免蛋黄饮水，5日龄、15日龄、32日龄时各免疫一次效果更好。
(4)商品鸡1日龄、7日龄、14日龄、21日龄时用高免蛋黄饮水，日后可以不用防疫。
马立克病预防
(1)雏鸡出壳后24小时之内注射马立克病疫苗。
(2)种蛋、孵化器、孵化室严格消毒；育雏舍场地、用具严格消毒。
(3)从高发地区引进的雏鸡要补打第2次马立克病疫苗。
(4)在幼鸡1月龄之内饲养人员避免串舍，必须隔离。
(5)一旦发病，应马上淘汰病鸡，对受威胁鸡用鸡康散拌料，安力2000消毒，以加强预防。