肉鸡的饲养效益好坏，取决于以下几个条件：优良的品种；全价的饲料；精心科学的管理；严格的防疫和疫病控制。缺一不可。现就当前农村养鸡防疫中存在的问题及其对策作一简述。
建立生物安全防疫意识，健全防疫体制。正确的消毒：（1）出鸡后，对鸡舍内外鸡粪、垃圾、杂物彻底清除，再扫除舍顶和墙壁上的灰尘，用高压水枪冲刷干净，再用2%火碱全面喷洒鸡舍内外地面、墙壁及生活区和附近道路。对养殖设施及用具先用清水洗刷干净，再用消毒药浸泡或喷洒，晾干后备用。最后把鸡舍全部封闭用甲醛按每立方米20ml，兑适量的水喷雾熏蒸消毒。（2）严格做到封闭饲养。鸡进场后，杜绝人员窜舍、杂人入场。饲养人员进出鸡舍要更换衣物、鞋、靴；门前消毒应保持安全有效。拉鸡车、鸡笼应彻底清洗、严格消毒。严禁贩死鸡的小商贩入内。（3）鸡进舍后，要坚持带鸡消毒。带鸡消毒应选择刺激性和腐蚀性小的消毒药，如季胺盐类、过氧乙酸等。正常情况下，每周带鸡喷雾消毒1次；疫病流行时，每隔2-3天带鸡消毒1次。饮水器要坚持每天清洗1次，鸡粪5-7天清理1次，清理完后进行1次带鸡消毒。
制定免疫程序，做好免疫工作。生产过程中严格按照免疫程序进行免疫，认真细致地做好每项免疫工作。点眼、滴鼻时要确保疫苗吸入鼻腔和眼内后再放鸡；在饮水免疫时，夏天要先停水2-3小时，冬天停水3-4小时，要采用地下水、井水或不含氯自来水将疫苗稀释，最好加入2%脱脂奶粉或免疫增效剂，并禁用金属水槽。疫苗以在1.5小时内饮完为宜；尽量避免使用强毒疫苗，应选择弱毒或中等毒力的疫苗或克隆苗、冻干苗便于保存且使用效果较好；注射新城疫I系苗时应激反应很大，容易引发呼吸道病，最好在接种疫苗前后1天分别在饮水中添加维生素，免疫增效剂和抗生素，以提高鸡的抗应激能力。首先要注意，接种时鸡群必须完全健康，避免在潜伏期内或疫苗反应过强引起发病。其次，免疫后一旦出现过激反应，应立即采取果断措施进行控制，避免造成继发感染。许多养殖场对此认识不足或处理不当。一般要求在接种新城疫，传支活苗前3天，用喹喏酮或大环内酯类预防量控制鸡体内的呼吸道杂菌，接种后4-5天，如果反应较为明显，则需用治疗量投服。
加强对养殖场常见疾病的控制。大肠杆菌和球虫病是目前养殖场最常见且易被轻视的疾病。这两种病不论春夏秋冬必须引起足够重视。平时要加强舍内外卫生消毒和环境控制，以减少疾病的发生。一旦发现要早治疗，早淘汰。目前对大肠杆菌较敏感的药物有丁胺卡那、磷霉素钠、左旋氧氟沙星头孢类等。