进入秋季后，昼夜温差较大，易使鸡群处于应激状态，导致鸡群抵抗力下降，外界病原微生物趁机侵入鸡体内或侵入鸡体的病原微生物迅速繁殖，威胁鸡群健康。因此秋季应加强蛋鸡的饲养管理和免疫预防。
防寒保温产蛋鸡舍适宜的温度是13℃~25℃，最低温度不要低于8℃，因此严控昼夜温差，避免引起感冒和慢性呼吸道等疾病的发生。鸡舍内空气质量标准是二氧化碳浓度低于0.3%，一氧化碳浓度低于10毫克，氨气浓度低于10毫克，悬浮尘埃数每立方米不得高于3.4毫克。舍内适宜湿度在50%~70%，湿度太低时舍内悬浮尘埃量增加，而湿度过大又可能导致舍内氨气浓度升高。若鸡舍内空气质量达不到上述标准，则需要增加通风量。因通风量过大而导致鸡舍内温度偏低时，则需要采取供暖措施。
调整饲料蛋鸡需要御寒，对能量需求量偏高，应适当提高饲料的代谢能。此外，蛋鸡采食量也偏高，可适当降低饲料中蛋白质和钙磷的含量，不能给蛋鸡机体造成一定的代谢压力。
保证光照深秋季节，自然光照时间逐渐变短，应在早晨和晚上补光，使光照时间达到14~16小时，光照强度为10~20勒克斯。
疫情监测蛋鸡在寒冷秋季易诱发禽流感、新城疫等病毒性疾病，定期做好禽流感、新城疫抗体水平检测工作，一般按1%采血或筛选鸡蛋检样，检测周期一般为1~2个月。
进行驱虫对感染鸡蛔虫等线虫病鸡可选以下药物进行驱虫：在饲料中加入消虫灵，连用3~5天。给鸡驱虫期间，要及时清除鸡粪，集中堆积发酵。
严格防疫措施秋季气温适宜病原微生物大量繁殖，鸡易患各种疾病，应搞好鸡舍环境卫生，定期进行消毒。对鸡场大环境、鸡舍墙壁、地面、用具等进行消毒，保持良好卫生环境，及时采用高效低毒药物扑灭和驱赶蚊、蠓等吸血昆虫。预防鸡感冒、鸡痘，大肠杆菌、传染性鼻炎等呼吸道病的发生。蛋鸡经过一个产蛋盛期，到秋末时体质变差，易发生传染病，因而必须加强防疫措施。重点做好鸡新城疫(每1.5~2个月，IV疫苗4~6倍饮水1次)和禽流感免疫工作。
减少操作应激一是尽量保持饲料稳定，更换饲料应循序渐进，不使用霉变饲料；二是固定工作流程，定时完成灯的启闭、喂料、添水、捡蛋、清粪等规定的日常工作。对食槽、水槽、地面、墙壁、顶棚经常涮洗，定时消毒。勤擦灯泡，及时捡蛋，保持舍内卫生，确保蛋鸡有一个安静、清洁的环境，防止打破鸡的“生物钟”；三是防止惊群应激。为保持鸡舍内环境相对稳定，要定人定群饲养管理，开放式鸡舍要注意天气骤变和恶劣天气对鸡群的影响，尤其是秋季昼夜温差大，晚上要注意适当保温。防止麻雀、老鼠、猫等动物进入鸡舍骚扰，非管理人员免进鸡舍，以免引起骚动炸群。