苹果干腐病的病原菌是一种真菌，其有性阶段为子囊菌亚门的葡萄座腔菌，无性阶段为不完全菌亚门的大茎点菌。苹果干腐病与苹果腐烂病虽属不同类型的病害，但发病原因近乎一致。病菌在枝干上越冬，春季时，分生孢子会借助风雨，从伤口或皮孔侵入。根系衰弱、营养不良、树势欠佳，以及冬春季节干旱失水过多、管理粗放、土质贫瘠、地势低洼等，都是引发苹果干腐病的主要因素。一般来说，果树保持强健树势能减轻病菌危害，而弱树易受冻伤、日灼、干旱缺水、施肥不足、结果过多等因素影响。
春季若发现叶片萎蔫，表明枝干已受损严重。建议将枯枝剪除至健康部位，刮除病疤，涂抹药剂杀菌，并用塑料膜包扎保护。在6—8月发病期、早春以及落叶后，可喷施氟硅唑、丙环唑、溃腐灵、腐烂干腐灵等药剂。同时，要加强肥水管理，多施氮肥，并配合枯草芽孢杆菌等生物菌肥。及时清理病枝病株，集中烧毁。萌芽后，可喷施20%辛菌胺吗啉胍水剂300倍液加植物精油1500倍液，或者30%氟硅唑悬浮剂1500倍液加植物精油1500倍液，进行2—3次防治。后期防治过程中，需重点针对真菌开展防控工作。
