秋季盆栽菊花病虫害较多。发生较重的病害主要为：叶斑病、黑锈病、褐斑病、白粉病和蚜虫、红蜘蛛、白粉虱等。
叶斑病可于发病初期用1%波尔多液或50%代森锌粉剂加1200倍水喷治，每周一次，喷3次即可。
黑锈病发病初期可用50%托布津粉剂加1000倍水（或50%多菌灵加800倍水）喷洒，每周一次，连用3次即可。
菊花发生白粉病时，受害叶面初生白色圆形粉状斑，逐渐扩大后连成一片。发病初期可用50%退菌特1000倍液喷洒，或用0.3～0.5度石灰硫磺合剂喷洒，效果都较好。
蚜虫危害严重，可用2000倍的2040%的菊杀乳油喷洒防治。