大棚种植甜瓜，使用有机肥效果更佳。首先施好底肥，施好底肥是实现甜瓜丰产和提升品质的关键措施。要注重有机肥、生物菌肥与化肥结合，氮磷钾三大元素肥料结合，大量元素与微量元素肥料结合，使养分之间和肥菌之间互为促进、相得益彰。目前，如果瓜生长品质不好，要注重施农家有机肥，例如牛粪、羊粪等，一般情况是每亩施发酵腐熟的鸡粪、羊粪4000—5000公斤，磷酸二铵15公斤，硫酸钾25公斤，因甜瓜对氯敏感，还要注意不要用氯化钾肥料。如果有腐熟的牛粪，近期就可以施肥，没有腐熟的也可以先施肥，施完肥就可以开始整地了。
同时，幼苗期对肥的需要量不大，伸蔓期对氮磷的需求量会增加，座瓜后对钾的需求量逐渐增多，要配合氮肥增施磷钾肥，这样可使甜瓜增产，增加含糖量，减少发病率。膨果期追肥，要在施足基肥基础上，合理恰当安排追肥。