西瓜种子是传播西瓜病害的重要途径之一，多种病害都能通过种子带菌进行传播为害。因此，为控制和预防病害通过种子传染，在播种前需对种子进行消毒处理，主要方法有以下几种：
1、药剂处理用50%的可湿性多菌灵粉剂配制500倍药液，将西瓜种子浸泡1小时后清水冲搓洗，可防止炭疽病等真菌病害；用10%的磷酸三钠溶液，浸泡西瓜种子20分钟，用水清洗干净，可钝化病毒活性，对防治西瓜花叶病毒有一定效果。
2、高温烫种在两个容器内分别装入等量的冷水和开水，水量为准备处理种子量的3倍左右，先将种子倒入开水中，迅速搅拌3到5秒钟，然后立即倒入另一容器内的冷水并不断搅拌使水温降至30度左右，然后在室温下浸种3到4小时，可杀死种于表面的病原菌。烫种时速度要快，时间不能太长，以免影响种子发芽率。
3、温烫浸种将西瓜种子放入55度的温水中，不断搅拌15分钟，自然冷却降温后，浸种4到6小时。55度为病菌的致死温度，浸烫种子后，可基本上杀死种子表面的病菌，也可钝化西瓜花叶病毒。
4、强光晒种选择晴朗无风的天气，将种于摊在席或纸等物体上，厚度不超过1厘米，使其在阳光下暴晒，每隔2小时左右翻动1次，使其受光均匀。晒种时不要放在水泥板、铁板或石头等物上，以免把种子烫伤而影响发芽率。晒种除有一定的杀菌作用外，还可促进种子后熟，增强种子的活力，提高种子的发芽势和发芽率。