害虫的防治苹果采收后，潜叶蛾、螨类、卷叶蛾等开始在枝干、粗皮裂缝中以蛹、卵或幼虫越冬。所以，在果实采收后，要剪除病虫枝，刮除树干粗皮，捆绑草把诱集越冬害虫，收集后集中烧毁，以减少来年害虫基数。苹果绵蚜、桃小食心虫、金龟子等入秋后会潜入根系周围的土壤中越冬，结合秋季施肥，深翻树盘，将地面的病叶、残果、杂草及在其中越冬的害虫翻入土壤深处，使其下年不能出土危害，同时将土壤中越冬的害虫翻出地面冻死。果园里边或附近放农具或废弃的房屋是茶翅蝽等害虫的理想越冬场所，在冬季或早春进行喷药或将房屋密闭后熏蒸，防治效果特别明显。
病害的防治苹果枝干病害主要包括轮纹病、腐烂病、干腐病等，是影响果树生长、果品质量提高的重要病害，主要在成年结果树上发生，管理措施差的幼龄结果树也有发生。从病害的发生规律看，最佳用药时间是11月中下旬，春季萌芽前用药效果不好。结合刮树皮，将病斑或病瘤刮除后涂药。果实采收后立即保护果柄痕伤口果实采收后立即保护叶痕伤口。