1、种性的不稳定性
茭瓜的形成是由于茭瓜体内寄生着穗菌，其菌丝体随植株的生长，到初夏或秋季抽苔薹时，主茎和早期分蘖的短缩茎上的花茎组织受菌丝体代谢产物―吲哚忆酸的刺激，基部2-7节分生组织细胞增生，膨大成肥嫩的肉质茎（菌瘿），即食用的茭瓜，茭瓜因有粉菌共生而表现出了种性的不稳定性，这与其他无性繁殖作物有很大区别，必需每年选种及去杂去劣，才能保持其优良的种性。
选择当年具有质嫩、色白、体圆、上市早、产量高、种性强、上市集中，具有本品种优良性状、结茭多、没有雄茭和灰茭的植株，具体的做法是：
孕茭初期，视全田，发现生长特别高大，但无孕茭的茭墩，要插一树枝，做好标记，在采收结束后及时连根及地下茎挖除，因为这些株丛已产生变异，或为“雄茭”，或为迟熟，在采收过程中，发现肉质茎明显短小，剥开拗断肉质茎发现是“灰”茭，也要随时做好标记，或茭白瘦小的茭墩，在采收结束后一并彻底挖除。
2、在去杂去劣的基础上，采收过程中如发现整个株丛多数分蘖生长整齐，结茭早，孕茭期集中，茭肉肥大白嫩，符合品种特征的茭墩，无雄茭和灰茭，结茭节位低，产量较高，则将其作为入选种株，于采收结束后留作第二年的种苗。