我国莲藕品种非常多，为了保持优良品种及种性，应选择高产、品质好、生产能力强、抗病的优质单株，然后将其优良单株集中运送到良繁基地，由专业人员负责组织繁殖，然后再进行推广。
在留种的时候，种藕一般都会在藕田中过冬。在过冬的时候，藕田中一定要保持一定的水位，避免缺水导致土壤干旱、开裂。如果无法保证留水的话，那么要在藕田上铺盖一层稻草进行保温。然后在第二年栽藕前挖出种藕，随挖随栽。
留种的莲藕种植方法与大田种植类似，在大田莲藕收获后，留种田还要继续进行管理，尤其是对田间水分及病虫害的防治工作。在挖种的时候，其方法与挖大田莲藕一样，注意力度，防止芽头受伤，导致种藕发芽力下降甚至失去发芽能力。