秋季气候转凉，光照充足，降水渐少，韭菜光合作用旺盛，快速生长，营养向根系积累，是壮苗养根的关键时期，所以秋季要加强水肥管理，病虫防治，促使根系发育，打下明年早萌芽和提高产量的基础。
1.肥水管理秋季气温渐低，有利韭菜生长。在韭菜迅速生长之前，应进行一次重追肥，每亩追施腐熟豆饼300-500公斤。追肥时用竹竿从行间把韭菜拨向两侧，露出行间地面，开小沟，内撒放豆饼，然后盖土。施肥后浇一次大水。也可先浇水，待畦面适宜后，用竹竿从行间把韭菜分向两侧，将豆饼撒施于行间，接着锄划，将豆饼与土混匀再踏实。以后每5-7天浇水1次，连浇4-5次。
2.停割防倒韭菜养根期间停止收割，停割后韭菜生长快易倒伏，田间隐蔽后，常发生病害烂叶状况，因此，要在韭菜畦两边支架，畦内拉铁丝以防韭菜倒伏，这样有利于田间通风透光，保持韭菜旺盛的光合作用，促进韭菜生长，减少病虫害发生。
3.病虫防治主要病害是疫病和灰霉病，高温多湿是发病的主要原因，常用药剂有50%多菌灵可湿性粉剂500-800倍液，或50%粉锈宁800-1000倍液。虫害主要是韭蛆、蓟马等。可用50%辛硫磷乳油3000倍液，顺韭根进行浇灌，或每亩用乐斯本乳油150-200毫升，对水1000公斤，喷雾器拧去喷头，将药液顺行喷入韭菜根。