重茬是造成大葱根腐病的关键因素，由于连续多年种植，土壤中病原菌增多，重茬病害在所难免，极易造成大葱根腐死棵。受前期连续阴雨天气影响，近期土壤湿度过大，透气性下降，影响根部正常呼吸，植物自身抗性下降。若此时培土，造成大量伤口，病原菌有机可乘，加剧病害的发生。对于大葱根腐病的防治，大葱培土后葱根埋的较深，发病后再进行灌根，效果不理想，所以做好前期预防是关键。
大葱培土前，可随水冲施生物菌肥，抑制病原菌侵染；或者用58%的甲霜灵锰锌600倍-800倍液或70%的霜脲氰锰锌800倍-1000倍液灌根；或在沟内撒施土壤菌毒净（敌克松+恶霉灵），平均一亩地5斤-6斤，然后进行培土。培土后，若发现病株，要及时扒开垄土，施入72%普力克800倍液+96%的恶霉灵3000倍液+生根剂，三者配合灌根防治。
在多雨季节，要注意做好大田排水，避免积水沤根，诱发根腐病等。对于蝼蛄、葱蛆等害虫，可用辛硫磷颗粒、毒死蜱颗粒等杀虫剂来防治。多年种植大葱的地块，应与其他作物轮作，但是不能与百合科的大蒜、韭菜轮作。