轮作种植造成大葱根腐烂的关键因素是重茬，由于连续多年种植，土壤中病原菌增多，极易造成大葱根腐死棵，实行轮茬种植，一般三年轮作一次。
防治根蛆定植前先将葱苗严格分级，然后进行药剂处理，以消灭根蛆，保证全苗。药剂选用针对性杀菌剂和新高脂膜混合液。
防止积水沤根大葱叶片水分蒸腾少，根系吸水能力弱，耗水分较少，喜湿怕涝。在生长期间若大水漫灌，容易使大葱田间积涝成灾，发生沤根，干尖，黄叶，死苗现象。解决措施：禁止大水漫灌，要小水勤浇，浇水时结合根施通，促进根系发育，增强根系吸收养份、水份能力。提高吸收水肥的能力。