绿豆、小豆散装堆放时表层受外界影响首先变色，离地面60厘米以下能减轻上述现象。如散装堆放，可将其放在离地面60厘米以下，中间隔开，把别的粮食放在上面。最好采取密闭的办法，把绿豆、小豆放在容器内，上面覆盖一层干沙土或干净的麦糠，再盖严，减少与空气、阳光、温热等不良因素的接触，以防止变色。
绿豆、小豆在生长期中易受绿豆象、豌豆象等害虫危害，种脐上易沾染虫卵，入仓后条件适宜开始成虫。入仓前，可将豆子放在沸水里浸泡5分钟，捞出晒干入仓，这样可杀死虫卵，防止虫害的发生，又不影响发芽。入仓前，还可将少量磷化铝药片用纸包好放入容器底部，上面装入绿豆、小豆，密闭盖好，这样磷化氢气体慢慢释出，可有效地抑制害虫发生。绿豆、小豆收获后应及时脱粒，高温暴晒后(含水量低于13%)冷晾入仓，保持低温(低于20℃)密闭缺氧保管，以防止变色。