根腐病、菌核病和灰斑病是大豆上的主要病害，应及早采取措施防治。
根腐病大豆整个生育期均会发病。病初茎基部出现黑褐色病斑，并向上扩散至下部侧枝，病茎髓部变褐色，叶柄基部缢缩，叶片下垂。用种子重量0.3％～0.4％的58％甲霜·锰锌可湿性粉剂或克露72%霜脲·锰锌可湿性粉剂拌种，能预防根腐病发生。
菌核病7月下旬开始发病，病初茎秆上出现褐色病斑，以后病斑上着生白色絮状物和白色颗粒，最后白色颗粒变成黑色，纵剖病茎可见黑色菌核。防治该病，可在发病初期选用50％腐霉利可湿性粉剂或40％菌核净可湿性粉剂1000倍液，或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液喷雾。
灰斑病6月上中旬开始发病，7月中旬进入发病盛期，7—8月遇高温多雨天气发病重。主要危害叶片，严重时叶片上布满病斑，过早脱落。大豆生长期发病，可以每亩用40％多菌灵可湿性粉剂100克，加水30公斤喷雾防治。大豆播前用种子重量0.3％的70％敌磺钠可溶性粉剂或50％福美双可湿性粉剂拌种，能预防灰斑病发生。