大豆根瘤菌是能与豆科植物共生形成根瘤，并进行生物固氮的一类革兰氏阴性杆菌。通过接种大豆根瘤菌及科学合理施肥，能够增强根瘤菌共生固氮能力，提高产量、改善品质、培肥地力。
（一）有机肥
推荐每亩施用农家肥1000~2000公斤，或商品有机肥150~300公斤。耕地土壤有机质含量低于1.0%的地块适当增加用量。有机肥作基肥施用，翻地或耙地时施入土层。
（二）施肥方式
（1）低肥力地块，50%氮肥作基肥或种肥，保证幼苗在根瘤形成前有足够氮素营养，另50%氮肥在开花或鼓粒期追施。
（2）中等以上肥力地块，可施用缓释肥作种肥，也可前期不施氮肥，在开花或鼓粒期追施。磷肥和钾肥作基肥或种肥一次性施入。
（3）基肥结合翻地或耙地时施入；种肥施在种子侧下方5~10厘米处；追肥施在植株一侧5厘米处，行间7~10厘米深度。
（三）微量元素肥料
1、钼肥
拌种或叶面喷施。拌种时用0.05%~0.1%的钼酸铵或钼酸钠溶液与根瘤菌剂混合后拌种，阴干后播种；叶面喷施时使用浓度为0.2%的钼酸铵溶液，在大豆花期喷施，每次40~50公斤/亩。
2、硼肥
基施、拌种或叶面喷施。基施时用5公斤/亩硼酸或硼砂，与有机肥充分拌匀，均匀撒施后翻耕入土；拌种时，用0.1%硼砂溶液与根瘤菌剂混合后拌种，阴干后播种；叶面喷施时，用硼酸或硼砂配制成0.2%的溶液，在大豆初花期和盛花期各喷1次，每次40~50公斤/亩。
3、铁肥
用0.2%的硫酸亚铁溶液在新叶出现发黄现象时喷施，一般喷2次，每次40~50公斤/亩。（全国农技）