真菌病是目前最难处理的一种疾病，尽管有一些药物和方法控制该疾病，但有的药物价格较贵，有的方法比较麻烦。由于小孢子皮肤真菌病属于人兔共患传染病，因此，不建议用药物治疗，而且如果大量药物治疗，根除的难度非常大。因此，建议淘汰和用彻底消毒的方法。尤其是在发病初期，不要舍不得个别患兔，应毅然决然地淘汰(深埋或焚烧)，并对兔舍和笼具彻底消毒。如果是可以封闭的兔舍，最好每立方米空间使用福尔马林28毫升、高锰酸钾14克，密封熏蒸消毒，2～3天后打开门窗。笼具和地面用火焰喷灯、百毒杀-高聚碘消毒剂消毒2～3次。
