蓝藻大量繁殖时，出现缺氧或者亚缺氧状态，引起河蟹及其他水产养殖动物发病甚至死亡。下面介绍降低蟹池蓝藻危害的几种方法。
物理方法：面积较小的池塘，可于有风天气在池下捞除部分蓝藻。
化学方法：降低池水pH值。可以采用有机酸和降碱灵降低池水的pH值到7—7.5。降低pH值应循序渐进，以防对河蟹及其他水产养殖动物造成危害。在晴天池塘的下风处，用适量硫酸铜、硫酸亚铁合剂或络合铜制剂直接泼洒在池边的蓝藻藻团上，可以有效杀灭部分蓝藻（注意：药物泼洒面积不能超过池塘面积的1/4，泼洒当天池塘要注意增氧）。
生物方法：放养部分鲢鳙鱼、螺蛳可减轻水体富营养化，从而控制蓝藻繁殖，也可放养部分罗非鱼，罗非鱼可直接摄食利用蓝藻。雨后对水体施用一定量的水质改良剂，并补充一定量的生物复合肥（500克/亩），可使水体中的有益藻类在短时间内恢复繁殖与生长，抑制蓝藻繁殖。在水质改良剂泼洒前3小时要进行增氧。在养殖水体中移植一定量的风眼莲、满江红、水花生等水生高等植物，通过高等水生植物控制水体中的氮、磷含量，抑制蓝藻的大量繁殖。