1.适量添加。饲料酶制剂都有一定的适宜添加范围，添加量过低过高效果都不好。权威资料表明：饲料酶添加过量，反而会降低水产动物的生产性能，其原因可能有二：（1）外源酶添加量过高，可能会抑制内源酶分泌，内源酶分泌减少，影响对饲料营养成分的消化吸收率；（2）外源酶添加量过高，降低食糜的黏度，缩短食糜在肠道中的滞留时间，加快营养成分的流失，减少动物对营养物质消化吸收，使其生产性能下降。
2.酶种类要适合。水产动物品种不同、食性不同、食物组成不一样，其所需外源消化酶的种类和数量就都不一样。目前,水产动物营养特点和饲料专用酶制剂还很少，研制适合水产动物使用的饲料酶制剂势在必行。每个饲料厂的饲料配方和原料组成都会有差别，所以，酶制剂最好针对不同的厂家特别定做。