研究鱼类疾病时，应当把外界环境因素与鱼类机体本身的内在因素有机结合起来，才能正确地了解鱼类发病的病因，从而得出准确的结论。
外界因素
生物因素
鱼类疾病大多数是由于各种病原生物的传播和侵袭而引起的。如病毒、细菌、真菌以及寄生虫等等。另外，还有一些生物直接或间接地危害着鱼类。如水鸟、凶猛鱼类、水蛇、水生昆虫、水网藻等敌害生物。
理化因素
1.水温：鱼类是变温动物，没有体温调节系统，体温是随着外界温度的变化而变化。如果外界温度突然间急剧变化，鱼类就产生应激反应，情况严重时可能引起鱼类大量死亡。一般情况下，鱼苗下塘时水温差不得超过2℃，成鱼不得超过5℃。
2.水中溶解氧：水中溶解氧含量的高低对鱼类的生长至关重要。一般情况下，水中溶解氧不得低于4毫克/升，鱼类才能正常生长。如果溶解氧过低，鱼类容易发生浮头，严重时引起泛塘；水中溶解氧过饱和，则容易引起鱼苗、鱼种发生气泡病。
3.酸碱度：大多数鱼类对水体中的酸碱度（pH值）都有一定的适应范围，通常以pH值7.0-8.5为最适宜鱼类生长范围，水体中pH值低于5或高于9.5，一般就会引起鱼类生长发育不良甚至造成死亡。
4.水中化学成分和有毒物质：鱼类如果长期生活在汞、镉、铅、铬、镍、铜等重金属盐含量较高的水体中，容易引起弯体病或慢性中毒等；若水体中排入大量石油、酚、氰化物、有机磷农药等污水，则容易引起鱼类中毒大量死亡。水体中的有机物、水生生物等在腐烂分解过程中，不仅会消耗大量水中溶解氧，而且还会释放出大量硫化氢、沼气等有毒有害气体，导致鱼类发病和死亡。
人为因素
在鱼类养殖生产过程中，由于放养密度、饲养管理不当以及操作不慎等人为因素，也会导致鱼类发生疾病或死亡。
内在因素
鱼体自身对疾病都有抵抗力，即鱼体的免疫力，是鱼类机体本身的内在因素。鱼类机体自身的免疫力以及免疫力的强弱，对鱼类是否发生疾病具有至关重要作用。实践证明，当某些流行性鱼病发生时，在同一池塘内的同种类同龄鱼中，有的患病严重死亡，有的患病轻微，逐渐痊愈，有的根本就不被感染。在一定环境条件下，鱼类对疾病具有不同的免疫力，即使是同一种鱼，不同的个体、不同年龄阶段的鱼对疾病的感染性也不完全相同。比如在同一池塘中草鱼发生肠炎病时，鳙鱼则不发病。