一、根据水稻病虫害发生情况适时施用农药。选用的农药要对口、高效、低毒、低残留，严禁使用对鱼高毒的农药品种。农药剂型方面，应多选用水剂或油剂，少用或不用粉剂，养鱼稻田草食性鱼类有除草作用，因此养鱼田一般不使用除草剂。
二、掌握农药的正常使用量和对鱼类的安全浓度，这样才能在使用农药时保证鱼类的安全。
三、施药方法要得当。养鱼稻田在施用农药前要将田水加深至7～10厘米，使用粉剂农药要在清晨露水未干时施用，以减少农药落入水中。使用水剂、乳剂农药宜在傍晚（下午4时后，夏季高温宜在下午5时以后）喷药，可减轻农药对鱼类的毒害。喷药要提倡细喷雾、弥雾，增加药液在稻株上的粘着力，减少农药淋到田水中。下雨或雷雨前不要喷洒农药，否则农药会被水冲刷进入田水中，容易导致鱼中毒。此外，还可采取以下方法避免引起鱼类药害：
1.把鱼集中在鱼坑后再施农药。
2.施农药时把大田进出水口打开，让水流动，先从出水口一头施起，施到中间停一下，使被污染田水流出去，再施下一半田，从中间施到进水口处结束。
3.还可以采取分段、隔天及注水三结合的施药法，就是把1丘田分成2段，1段靠近进水口，1段靠近出水口，第一天先施进水口段，把鱼赶到出水口段，第二天再施药。进水口灌水，把鱼赶到进水口去溯水，再施出水口段，并且打开出水口放水，进水口继续灌水，直到稻田里带药的水全部放完为止。
4.不要固定使用一种农药，要适时轮换以免病虫害产生抗药性。
5.重视秧田病虫害防治，使秧苗健康下田，减少大田防治次数，节约农药成本。
6.提倡菜油治蚰虫。利用菜油治蚰，此法效果很好。具体方法是，单季稻插后一星期，亩用油0.5公斤，均匀地滴在稻田中，然后用木做的“木推”将田水推动，激起的水花喷在稻株上，使稻上蚰虫落到水中被油膜粘住，成为田鱼的美食。以后每隔20天左右再除蚰1次，每次用油各0.5公斤，直到水稻收割前停止。如果后期发现蚰虫多，稻行空间小“木推”发挥不了作用，可将稻行两边稻向外翻开，扩大空间，后用舀水“木勺”将含油膜田水泼在稻株上，把蚰虫淋下来，使蚰虫被油膜粘住而死，达到治蚰效果。
此法安全有效，成本不高，一般单季稻一季用油2～2.5公斤，而且可提高稻米质量，增加田鱼产量，值得一试。
7.注意人身安全。施药时不要抽烟，要穿长裤长袖衣，戴好口罩，严禁赤膊打药，打药后要洗手，不要喝酒，更不能在中午高温时打农药，以免中毒。