鲍鱼苗的运输方法有干运和水运两种，短距离运输时间不超过15小时，可采用干运。长距离运输应采用水运。运苗时应将鲍鱼连同聚乙烯波纹板一起运输，以免鲍苗互相挤压，受伤死亡。也可将鲍鱼苗剥离，连同海带装入聚乙烯网袋中运输。
1.干运：运输容器可采用塑料泡沫箱或木桶，必须用干净海水充分浸泡洗刷后才能使用。在容器底部放一层已浸泡好大叶草或鲜小海带，然后将鲍鱼苗，连同附着板，或已剥离后装小网袋，鲍鱼苗放在大叶草上，一层鲍鱼苗，一层大叶草或鲜小海带，不超过三层。这种运输方法，鲍苗分布均匀，不挤压，不受伤，又能保持湿度，运输成活率达到98%，是目前最好的运输方法。
2.水运：长距离运输时，先将鲍鱼苗剥离后装入聚乙烯网袋中，规格40厘米×30厘米的网袋可装鲍苗1000粒-1500粒左右，运输时将网袋放入船上的帆布桶中，每立方米可放鲍鱼苗3000粒-5000粒，途中用水泵抽水，每小时更换一次新鲜海水，在流水的条件下，水运100多小时鲍鱼苗成活率可达到96%，运苗时一定要选择晴朗的好天，气温应在5℃以上，并要防止阳光直射，苗运到目的地后要立即装笼下海放养，切忌过夜装笼。