很多地方由于连年种植辣椒，造成重茬，病害发生严重，其中发病最重、危害最大的是"死棵"现象。死棵给辣椒生产带来了严重的损失。据调查，造成辣椒死棵的病害主要有3种，分别是:①疫病，主要症状是茎基部腐烂，表皮变深褐色，约占80%；②根腐病，即根部腐烂，占10%左右；③青枯病，具体表现为叶片中午萎蔫，早晚恢复，反复几天后青干枯死，占10%左右。

上述几种病害均为土传病害，主要是通过流水传播，受地温影响，25℃发病重，主要有两个发病高峰期，一个是苗期，一个是结椒期，其中结椒期发病最严重。防治药剂可选用雷多米尔、杀毒矾、乙膦铝锰锌、多菌灵等药剂毒土或灌根或粗喷雾防治。