南瓜是雌雄异花授粉的植物，依靠蜜蜂、蝴蝶等昆虫媒介传播花粉，受精结果。在自然授粉的情况下，异株授粉结果率占65%，本株自交授粉的结果率占35%。从人工授粉和自然授粉的效果看，人工授粉的结果率可达72.6%，而自然授粉的结果率仅有25.9%，所以人工授粉对提高南瓜的结果率极为有利。特别是在南方栽培南瓜，开花时大多在梅雨季节，湿度大、光照少、温度低，往往影响南瓜授粉与结瓜，造成僵蕾、僵果或化果。所以采用人工授粉的方法，可以防止落花，提高坐果率。人工授粉的具体做法是：一般南瓜花在凌晨开放。早晨4-6时授粉最好。所以人工授粉要选择晴天上午8时前进行，可采摘几朵开放旺盛的雄花，用蓬松的毛笔轻轻地将花粉刷入干燥的小碟子内，然后再蘸取混合花粉轻轻涂满开放雌花的柱头上，授粉以后，顺手摘张瓜叶覆盖，勿使雨水侵入，以提高授粉效果。采用混合花粉授粉，有利于提高坐果率和果实质量。也有的将雄花采摘后，去掉花瓣直接套在雌花上，使花粉自行散落在雌花柱头上，或把雄蕊在雌花柱头上轻轻涂抹，这样也可达到人工授粉的目的。如遇阴雨天，则可把翌日欲开的雌花、雄花用发夹或细保险丝束住花冠，待次日雨停时，将花冠打开授粉，然后再用叶片覆盖授过粉的雌花。

南瓜上也可应用植物激素促进开花和坐果。在南瓜长出3-4片真叶时，喷洒乙烯利2500倍稀释液(用稀盐酸调酸碱度至pH4)，一般采用2.5升水加1毫升乙烯利原液，就可直接喷洒瓜苗，促使瓜苗雌花分化，幼瓜早结。在南瓜花期，用（20-25）×0.000001的2,4-D溶液，涂于正开的雌花花柄上，可防止果柄脱落，提高结果率。