免疫程序的制定要考虑猪只的用途、年龄、母源抗体水平、饲养条件、疫苗的种类、性质、免疫途径等因素，特别是目前混合感染率逐年升高，一定要注意联合及多重免疫。目前我国研制的猪传染性胃肠炎与轮状病毒弱毒疫苗，对3日龄仔猪主动免疫效果很好，在母猪分娩前5至6周和1周各肌注或鼻内接种一次后，则对3日龄哺乳仔猪的被动免疫保护率达百分之95以上；在每年秋天来临后，对新生仔猪吃乳前肌注疫苗至少30分钟后才能吃初乳。仔猪断奶前7至10天，架子猪、肥育猪和公猪肌肉注射疫苗一次即可。

对于流行性腹泻，可应用猪流行性腹泻氢氧化铝灭活苗，对妊娠母猪于产仔前20至30天接种4毫升，25公斤以下的仔猪接种1毫升，25至50公斤育成猪接种2毫升，50公斤以上成猪接种4毫升，接种部位为后海穴，接种后15天产生免疫力。