（一）采收直播繁殖的于第2年10月中下旬或育苗移栽的于当年10月中下旬植株枯黄时采挖。采挖过早，根条不充实，产量低，品质差；过迟，土壤已冻结，挖时困难且易断根。采收前先将地上茎叶割取，暴晒3～5天，使根部更加饱满充实，然后，再小心挖取全根。

（二）加工当归采挖后，不能堆放，先将泥土除净，选择高燥通风处，摊开晾晒至根条变软，或按根条数大小理顺，扎成小把，头朝下挂在炕架上，用烟火慢慢熏烤，熏时要注意室内通风，并经常翻动，烤干后，搓去毛须，修去过细的尾根，即成商品。一般以主根粗长、油润、外皮黄棕色、断面黄色为佳。一般每公顷产干品3000千克，高产时可达6000千克。