本发明涉及用生物技术选育抗螟玉米自交系杂交种子的方法，其特征是按照作物遗传规律，抗螟基因是受抗螟的主效基因即质量性状遗传所决定的，在抗螟优势模式下合成原始材料定向选育：1）选择育种，2）杂交育种，3）回交育种，上述培育出的抗螟自交系种子，选择质量性状符合螟虫不寄生性、抗生不适应性、隐蔽错期性、生态补偿性四个质量性状的，进行远缘杂交，即得到本发明抗螟玉米自交系杂交种子。本发明的优点是：从根本上解决了玉米种子的抗螟问题，使一代螟虫的发生率由原来的93％以上降到了5％左右，个别好的自交系达到了免疫程度，提高了玉米的产量，避免了农药的使用，控制了玉米的残留农药，达到了绿色农作物的标准。