由于马蹄莲结实较少，故此法主要用于杂交育种。收到种子后即播或春秋播种。播前可先用70℃热水浸种，取出后盖上湿沙，保持湿润，每两天用水喷淋一次，15天左右可以出芽，出芽后再播种，覆土以看不见种子为度，控温18～24℃并加大湿度，1周左右可出苗。

外植体为其幼叶。采用MS培养基，将消毒后的叶片接种到培养基中，7～10天可长出浅绿色的愈伤组织，约4～5周时出现多数突起芽点，由绿色芽点又形成丛状小苗。培养60天后，小苗3～4厘米高时转移到1/2MS培养基上，1～2个月后，分化出根。生根后即可移栽。