危害牡丹较重的红斑病、灰霉病，其病菌随病落叶在土中越冬，翌年五、六月份随温度回升及雨水增多而开始侵染牡丹。牡丹由于在花期消耗了大量养分，花后五月份正是发病的时机。但由于它一年开花只一次，花后管理很少有人重视，结果常发生叶部病害，影响牡丹孕蕾及来年开花。

牡丹花后用药的具体措施为：喷洒一百至二百倍等量式波尔多液，或百分之六十五代森锌可湿性粉剂五百至八百倍液，或百分之五十托布津一干倍液，或百分之七十五的百菌清八百倍液，每七至十天喷一次，连喷四或五次。喷药时，叶背面尤其是基部叶背面一定要喷到，地面也应喷药。雨后喷药，应先将基部叶面污泥用清水冲洗干净。